События кампании начинаются через сорок лет после начала войны между людьми и мутантами (через сотню лет после бомбардировки Земли ядерными ракетами). К этому времени конфликт вновь вступает в серьезный оборот, но уже с новыми силами. Также к войне присоединяется третья сторона - роботы Серия 9.